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刘兵、陈小兵率领的人马在南昌城寡不敌众，南浔关事先没有切断。袁继咸的兵马源源不断开来，夹击南昌。这种情况下，刘兵、陈小兵只有率领兵马撤出南昌，撤退时挑了巡府衙门缴获的五六万白银，边扔边走。敌军只顾抢白银，他们乘隙突出重围。刘兵、陈小兵率全军退往莲塘，但南明联军依旧不依不饶，跟踪追击，刘兵、陈小兵的人马伤亡惨重。
刘兵为了躲避追兵，只好剃须去袍，靠江西老俵的领路，乘一头水牛渡江才得以逃出。渡江的过程比较滑稽，随刘兵一起撤逃的陈小兵说，当时眼看刘兵即将接近江岸，不料，因他身躯较重，水牛负荷不起，以致颠翻入江。事后，张天叙讥笑刘兵的这次遭遇为“曹孟德潼关遇马超”。
退到牛行镇的陈勇兵马，被袁继咸的军队包围，伤亡过半；范继华在万河一带被邓琢截住，苦战两昼夜，杀开一条血路，但也折损了七成以上的兵力，邓平的兵马也几乎全军覆没。此战红巾军军最精锐的兵马近3万人马被袁继咸的南明联军王香亭的兵马正面击溃，战后刘兵不禁大为感叹，红巾军在吉安横扫明军的骄傲已成过去。
至此，红巾军主力由于未能截断南浔关，加上指挥失误、配合不力等因素，遭袁继咸兵马的主力南北夹击遭受重创。事后，顽兵十分震怒：“这次失败是我们红巾军最不名誉的一件事，也是红巾军最耻辱的一页。”
袁彪本来奉顽兵的命令自进贤冒充明朝的民团，但中途情况发生变化，他于是擅改了顽兵的作战计划。结果，在箬溪与袁继咸的部将孙鸿勋的兵马相遇。九月三十日，袁彪下令全军出击，鏖战近一日，孙鸿勋的兵马全线崩溃。
袁彪俘获五千余人，孙鸿勋受重伤，不久在南京死去。孙鸿勋是袁继咸的心腹，孙鸿勋又是袁继咸的精锐，此役为刘兵陈小兵人马兵败后的第一个大胜仗。
十月三日，袁彪、邹兵乘胜进攻德安。德安位于南浔关中心，是敌人补给要站，有重兵驻守，且构筑有坚固工事，经激战后于当日攻克。这一切都刺激着顽兵的神经，他一定要亲自指挥拿下南昌，以立威信。为了保证胜利，除了武兴的骑兵团，他还调动了井冈山和吉安全部精锐，几乎整个顽兵集团都被他带到了南昌城下。
十月五日，武兴率领骑兵攻占樟树；六日，占领丰城；九日，强渡赣江。进抵南昌城下。与此同时，武英和武丽丽的兵马也陆续抵达南昌。
袁继咸守备南昌的大约有三万五六千人。为了使红巾军攻城时，失去屏障和依托，袁继咸的部将王福山和唐凤歧下令悬赏两万大洋，命令五百多士兵，连夜搜索城内所有商店贮存的煤油。随后，派兵在城门头上用水将煤油喷射于附近的民居屋上，并泼洒大量的硫黄，实施了毁灭性的纵火行为。
一时间，惠民门、广润门、章江门、德胜门附近的商铺民居火光冲天，城内一些主管则政的府衙也被烧了。大火借着风势，延烧了三日三夜，总计烧毁房屋在万户以上，著名的滕王阁也毁在这场大火之中，只留下了一块写有“滕王阁”三个字的青石匾牌。
有人趁火打劫，很多居民的财物遭到了洗劫。惠民门有户姓江的居民，竟然被抢了十五次之多。生活材资一时极度缺乏，引起物价飞涨，白米原价每石八两，现在飙升到三十八两。一些沦为饿殍的穷人，都纷纷逃到外地去行乞了。
十二日凌晨，红巾军开始攻城，南昌被炮火所笼罩。进攻部队在虎蹲炮和英格兰长弓的掩护下，架起云梯开始登城，守军居高临下，依托城楼，用弓箭手、和滚木雷，热油，虎蹲炮，对红巾军反击，红巾军几次冲锋，均无功而返。战斗最激烈时，顽兵亲赴南昌，召集刘润东、许向前以及王氏兄弟加宋来恩等人开会，研究对策。
刘润东认为南昌城过于高大坚实，在缺乏红衣大炮的情况下，面对坚城，又背水而战，应该尽快考虑撤兵。顽兵求胜心切，哪里肯撤。王氏兄弟和许向前都站在顽兵一边，刘润东孤掌难鸣，于是刘润东找来了王有成，命令他去赣江上秘密搭建两座浮桥，以备不实之需。“刘润东”毕竟是号称“小诸葛”，未雨绸缪，后来证明这两座浮桥不仅保住了整个顽兵集团，也保住了顽兵的性命。
十月十二日傍晚，顽兵来到南昌城外袁彪的山寨，总攻就要开始了，顽兵的嫡系将领信心十足，纷纷表示不成功就成仁。突然，杀声震天，黑暗中，袁继咸军队的敢死队蜂拥而至，打正准备攻城的袁彪兵马个措手不及。原来邓琢组织了敢死队反击，并悬赏5万白银，捉拿顽兵。这些敢死队员从南昌城下的水闸偷偷潜出，躲开了红巾军的监视哨，摸到阵前，呐喊着杀入阵中。攻城兵马背水列阵，顿时秩序大乱，自相践踏。正准备攻城的邓平兵马已经被包围，几乎全军覆没。此时南昌城门大开，城中袁继咸军主力全数杀出，红巾军溃不成军，一直败退到赣江边。幸亏小诸葛刘润东事先已在赣江上游搭了两座浮桥，他大声命令“全军沿赣江南撤，至上游由浮桥渡江。”当退到浮桥边时，混乱的秩序导致不少人被推入江里。刘润东立即告知各将领，再往上，还有一座浮桥可过，这样，军心才初步稳定。黑夜中，边打边撤，逐步退往赣江西岸，死伤无数。直到天亮，才稳住阵脚，一查点，才发现兵马损失大半，装备物资大多丢弃，邓平兵马全部阵亡。
顽兵亲至南昌南门外指挥攻城，大涨了前方将士的土气。然而，南昌城垣甚为坚实，红巾军屯兵坚壁之下，背水作战，犯了兵家之大忌。二下南昌以惨败告终，顽兵自感又羞又愧。他对武丽丽说道：“因我疏忽鲁莽，致兹失败，罪莫大焉，本当自杀以谢义军；且观后效如何。”顽兵陷入极度自责中。
顽兵进攻南昌失利后不久，各种小道消息漫天飞舞。有人称看到“顽兵在南昌附近受伤严重，系箭羽射中其腹部，因而致亡。袁彪、刘兵、陈小兵也受伤，均抱头鼠窜而去”等等。消息并未经过核实，在南京的朝廷总还就此事发布了昭书。一时间，各地的明军纷纷庆贺。结果成了一大笑柄。
除邹兵正在进行的王家铺之战役外，南昌战事暂时处于休战状态。顽兵检讨攻打南昌战役时，认为红巾军两次作战失败之原因，可从三个方面加以弥补：一、在战略指导上，加强左翼军之兵力，俾能确实切断南浔路，以打破敌利用交通线以相互支援之利；二、在战术指导上，强调各部兵马之协同作战与相互支援，以避免各自为战之弊；三、设立兵站机构，注意补给事项，以免再犯因补给之不继，而致影响前方作战之害。
由于吉安战场进展迅速，顽兵及其部将立功心切，产生了轻敌情绪，他对袁继咸部战斗力及军事策略显然估计过低了。从最开始“两个拳头打南昌”再到“打下南昌喝重阳酒”的豪言壮语，无疑成了宣传鼓动的兴奋剂。二下南昌的受挫表明，红巾军缺乏攻打南昌这种重要城市的有效战略战术。
再攻南昌的失利使顽兵冷静了下来。十月十四日，他通知各军暂取守势，主力集结于南浔路以西地区整顿，准备第三次进攻。
鉴于江西总督袁继咸的主力集中在南浔关的德安、建昌、涂家埠等地，得交通之便，可以及时转移兵力，相互增援，因此，第三次进攻以截断南浔路，歼灭袁继咸的主力兵马为主，而不急于夺取南昌城。
在兵力配备上则分为三路：右翼军，由王有成的兵马、彭大怀、武英、陈勇的兵马等组成，由刘兵指挥。其中又分左、右纵队；
中军，由游效忠、袁彪、彭大怀、陈小兵的人马组成；
左翼军，由范继华、邹兵、武兴的兵马等组成。此外，另设总预备队，由顽兵的亲兵家将组成，顽兵任指挥。
担任中路军的游效忠、袁彪、彭大怀、陈小兵的人马主要以乐化为进攻目标。
十月二十九日，游效忠、袁彪、彭大怀、陈小兵的人马奉命从安义出发，于十一月三日拂晓驱逐当面的袁继咸前方兵马后，向乐化逼近。在攻占乐化时，战斗十分激烈，袁继咸的一万余人死守抵抗，架设虎蹲炮随行随射，中路军被虎蹲炮炸后阵亡达五百余人，阵势顿形松懈。
正值危急时刻，中路军各将领全体加入前线督战，高呼“为南昌战死的兄弟报仇!”，同时，左翼军加入西侧面攻击，中路军正面部队士气大振，在顽兵的亲兵家将总预备队率虎蹲炮兵团的支援下，发起冲锋。
这时，恰好王香亭另派一部增援乐化的队伍中，有人不慎走火，乐化前方作战兵马误以为是红巾军抄后路了，一涌而退，不可控制。
红巾军终于攻占了乐化。此次战役双方伤亡都很大，使用弓箭虎蹲炮弹攻击频繁，中路军官兵在缺乏虎蹲炮的情况下，充分利用了英格兰长弓射击，结果收到了奇效。
随后，中路军在南浔铁路作战时，为了提高士兵攻击精神，又提出了四个战斗口号：“北上抗清”“收复南昌”“打到九江”“为已死兄弟报仇”。
袁继咸虽然也曾提出标语：“兵以卫民，民以卫国，为国为民，兵以思存”的口号，但并未在士兵中建立起作战信念。士兵不知道自己打仗的价值所在。
中路军夺取乐化后，游效忠即令彭大怀追击涂家埠，不久彭大怀完全占领涂家埠。其余各部队也先后占领了牛行、德安等要点。南浔路大决战后，三路大军集结于南昌城下，且由两部兵马监视南昌城内之敌。
此时，南浔线及南昌城郊的袁继咸军已全部被击溃，南昌城内仅剩余张福山等残部两三千人。
不久，城内残敌投降，退出城外。十一月八日，红巾军在百姓的引导下光复了南昌。红巾军入城后场面热闹，民众欢腾，往日萧条寂寞景象陡变为热闹市场，男女老幼，拥挤道途，争相瞻仰红巾军之阵容。九日，张子强拖着病跟顽兵进入南昌城，南昌战役结束了。
刘兵、陈小兵率领的人马在南昌城寡不敌众，南浔关事先没有切断。袁继咸的兵马源源不断开来，夹击南昌。这种情况下，刘兵、陈小兵只有率领兵马撤出南昌，撤退时挑了巡府衙门缴获的五六万白银，边扔边走。敌军只顾抢白银，他们乘隙突出重围。刘兵、陈小兵率全军退往莲塘，但南明联军依旧不依不饶，跟踪追击，刘兵、陈小兵的人马伤亡惨重。
刘兵为了躲避追兵，只好剃须去袍，靠江西老俵的领路，乘一头水牛渡江才得以逃出。渡江的过程比较滑稽，随刘兵一起撤逃的陈小兵说，当时眼看刘兵即将接近江岸，不料，因他身躯较重，水牛负荷不起，以致颠翻入江。事后，张天叙讥笑刘兵的这次遭遇为“曹孟德潼关遇马超”。
退到牛行镇的陈勇兵马，被袁继咸的军队包围，伤亡过半；范继华在万河一带被邓琢截住，苦战两昼夜，杀开一条血路，但也折损了七成以上的兵力，邓平的兵马也几乎全军覆没。此战红巾军军最精锐的兵马近3万人马被袁继咸的南明联军王香亭的兵马正面击溃，战后刘兵不禁大为感叹，红巾军在吉安横扫明军的骄傲已成过去。
至此，红巾军主力由于未能截断南浔关，加上指挥失误、配合不力等因素，遭袁继咸兵马的主力南北夹击遭受重创。事后，顽兵十分震怒：“这次失败是我们红巾军最不名誉的一件事，也是红巾军最耻辱的一页。”
袁彪本来奉顽兵的命令自进贤冒充明朝的民团，但中途情况发生变化，他于是擅改了顽兵的作战计划。结果，在箬溪与袁继咸的部将孙鸿勋的兵马相遇。九月三十日，袁彪下令全军出击，鏖战近一日，孙鸿勋的兵马全线崩溃。
袁彪俘获五千余人，孙鸿勋受重伤，不久在南京死去。孙鸿勋是袁继咸的心腹，孙鸿勋又是袁继咸的精锐，此役为刘兵陈小兵人马兵败后的第一个大胜仗。
十月三日，袁彪、邹兵乘胜进攻德安。德安位于南浔关中心，是敌人补给要站，有重兵驻守，且构筑有坚固工事，经激战后于当日攻克。这一切都刺激着顽兵的神经，他一定要亲自指挥拿下南昌，以立威信。为了保证胜利，除了武兴的骑兵团，他还调动了井冈山和吉安全部精锐，几乎整个顽兵集团都被他带到了南昌城下。
十月五日，武兴率领骑兵攻占樟树；六日，占领丰城；九日，强渡赣江。进抵南昌城下。与此同时，武英和武丽丽的兵马也陆续抵达南昌。
袁继咸守备南昌的大约有三万五六千人。为了使红巾军攻城时，失去屏障和依托，袁继咸的部将王福山和唐凤歧下令悬赏两万大洋，命令五百多士兵，连夜搜索城内所有商店贮存的煤油。随后，派兵在城门头上用水将煤油喷射于附近的民居屋上，并泼洒大量的硫黄，实施了毁灭性的纵火行为。
一时间，惠民门、广润门、章江门、德胜门附近的商铺民居火光冲天，城内一些主管则政的府衙也被烧了。大火借着风势，延烧了三日三夜，总计烧毁房屋在万户以上，著名的滕王阁也毁在这场大火之中，只留下了一块写有“滕王阁”三个字的青石匾牌。
有人趁火打劫，很多居民的财物遭到了洗劫。惠民门有户姓江的居民，竟然被抢了十五次之多。生活材资一时极度缺乏，引起物价飞涨，白米原价每石八两，现在飙升到三十八两。一些沦为饿殍的穷人，都纷纷逃到外地去行乞了。
十二日凌晨，红巾军开始攻城，南昌被炮火所笼罩。进攻部队在虎蹲炮和英格兰长弓的掩护下，架起云梯开始登城，守军居高临下，依托城楼，用弓箭手、和滚木雷，热油，虎蹲炮，对红巾军反击，红巾军几次冲锋，均无功而返。战斗最激烈时，顽兵亲赴南昌，召集刘润东、许向前以及王氏兄弟加宋来恩等人开会，研究对策。
刘润东认为南昌城过于高大坚实，在缺乏红衣大炮的情况下，面对坚城，又背水而战，应该尽快考虑撤兵。顽兵求胜心切，哪里肯撤。王氏兄弟和许向前都站在顽兵一边，刘润东孤掌难鸣，于是刘润东找来了王有成，命令他去赣江上秘密搭建两座浮桥，以备不实之需。“刘润东”毕竟是号称“小诸葛”，未雨绸缪，后来证明这两座浮桥不仅保住了整个顽兵集团，也保住了顽兵的性命。
十月十二日傍晚，顽兵来到南昌城外袁彪的山寨，总攻就要开始了，顽兵的嫡系将领信心十足，纷纷表示不成功就成仁。突然，杀声震天，黑暗中，袁继咸军队的敢死队蜂拥而至，打正准备攻城的袁彪兵马个措手不及。原来邓琢组织了敢死队反击，并悬赏5万白银，捉拿顽兵。这些敢死队员从南昌城下的水闸偷偷潜出，躲开了红巾军的监视哨，摸到阵前，呐喊着杀入阵中。攻城兵马背水列阵，顿时秩序大乱，自相践踏。正准备攻城的邓平兵马已经被包围，几乎全军覆没。此时南昌城门大开，城中袁继咸军主力全数杀出，红巾军溃不成军，一直败退到赣江边。幸亏小诸葛刘润东事先已在赣江上游搭了两座浮桥，他大声命令“全军沿赣江南撤，至上游由浮桥渡江。”当退到浮桥边时，混乱的秩序导致不少人被推入江里。刘润东立即告知各将领，再往上，还有一座浮桥可过，这样，军心才初步稳定。黑夜中，边打边撤，逐步退往赣江西岸，死伤无数。直到天亮，才稳住阵脚，一查点，才发现兵马损失大半，装备物资大多丢弃，邓平兵马全部阵亡。
顽兵亲至南昌南门外指挥攻城，大涨了前方将士的土气。然而，南昌城垣甚为坚实，红巾军屯兵坚壁之下，背水作战，犯了兵家之大忌。二下南昌以惨败告终，顽兵自感又羞又愧。他对武丽丽说道：“因我疏忽鲁莽，致兹失败，罪莫大焉，本当自杀以谢义军；且观后效如何。”顽兵陷入极度自责中。
顽兵进攻南昌失利后不久，各种小道消息漫天飞舞。有人称看到“顽兵在南昌附近受伤严重，系箭羽射中其腹部，因而致亡。袁彪、刘兵、陈小兵也受伤，均抱头鼠窜而去”等等。消息并未经过核实，在南京的朝廷总还就此事发布了昭书。一时间，各地的明军纷纷庆贺。结果成了一大笑柄。
除邹兵正在进行的王家铺之战役外，南昌战事暂时处于休战状态。顽兵检讨攻打南昌战役时，认为红巾军两次作战失败之原因，可从三个方面加以弥补：一、在战略指导上，加强左翼军之兵力，俾能确实切断南浔路，以打破敌利用交通线以相互支援之利；二、在战术指导上，强调各部兵马之协同作战与相互支援，以避免各自为战之弊；三、设立兵站机构，注意补给事项，以免再犯因补给之不继，而致影响前方作战之害。
由于吉安战场进展迅速，顽兵及其部将立功心切，产生了轻敌情绪，他对袁继咸部战斗力及军事策略显然估计过低了。从最开始“两个拳头打南昌”再到“打下南昌喝重阳酒”的豪言壮语，无疑成了宣传鼓动的兴奋剂。二下南昌的受挫表明，红巾军缺乏攻打南昌这种重要城市的有效战略战术。
再攻南昌的失利使顽兵冷静了下来。十月十四日，他通知各军暂取守势，主力集结于南浔路以西地区整顿，准备第三次进攻。
鉴于江西总督袁继咸的主力集中在南浔关的德安、建昌、涂家埠等地，得交通之便，可以及时转移兵力，相互增援，因此，第三次进攻以截断南浔路，歼灭袁继咸的主力兵马为主，而不急于夺取南昌城。
在兵力配备上则分为三路：右翼军，由王有成的兵马、彭大怀、武英、陈勇的兵马等组成，由刘兵指挥。其中又分左、右纵队；
中军，由游效忠、袁彪、彭大怀、陈小兵的人马组成；
左翼军，由范继华、邹兵、武兴的兵马等组成。此外，另设总预备队，由顽兵的亲兵家将组成，顽兵任指挥。
担任中路军的游效忠、袁彪、彭大怀、陈小兵的人马主要以乐化为进攻目标。
十月二十九日，游效忠、袁彪、彭大怀、陈小兵的人马奉命从安义出发，于十一月三日拂晓驱逐当面的袁继咸前方兵马后，向乐化逼近。在攻占乐化时，战斗十分激烈，袁继咸的一万余人死守抵抗，架设虎蹲炮随行随射，中路军被虎蹲炮炸后阵亡达五百余人，阵势顿形松懈。
正值危急时刻，中路军各将领全体加入前线督战，高呼“为南昌战死的兄弟报仇!”，同时，左翼军加入西侧面攻击，中路军正面部队士气大振，在顽兵的亲兵家将总预备队率虎蹲炮兵团的支援下，发起冲锋。
这时，恰好王香亭另派一部增援乐化的队伍中，有人不慎走火，乐化前方作战兵马误以为是红巾军抄后路了，一涌而退，不可控制。
红巾军终于攻占了乐化。此次战役双方伤亡都很大，使用弓箭虎蹲炮弹攻击频繁，中路军官兵在缺乏虎蹲炮的情况下，充分利用了英格兰长弓射击，结果收到了奇效。
随后，中路军在南浔铁路作战时，为了提高士兵攻击精神，又提出了四个战斗口号：“北上抗清”“收复南昌”“打到九江”“为已死兄弟报仇”。
袁继咸虽然也曾提出标语：“兵以卫民，民以卫国，为国为民，兵以思存”的口号，但并未在士兵中建立起作战信念。士兵不知道自己打仗的价值所在。
中路军夺取乐化后，游效忠即令彭大怀追击涂家埠，不久彭大怀完全占领涂家埠。其余各部队也先后占领了牛行、德安等要点。南浔路大决战后，三路大军集结于南昌城下，且由两部兵马监视南昌城内之敌。
此时，南浔线及南昌城郊的袁继咸军已全部被击溃，南昌城内仅剩余张福山等残部两三千人。
不久，城内残敌投降，退出城外。十一月八日，红巾军在百姓的引导下光复了南昌。红巾军入城后场面热闹，民众欢腾，往日萧条寂寞景象陡变为热闹市场，男女老幼，拥挤道途，争相瞻仰红巾军之阵容。九日，张子强拖着病跟顽兵进入南昌城，南昌战役结束了。